消毒工作是防疫的基礎，是切斷傳播渠道、防止畜疫傳播，控制疫病擴散的重要環節。養殖場的許多病原微生物可以通過消毒工作達到殺滅和抵制傳播的效果，消毒殺滅環境中的病原體，顯著減少病原體的數量，防止疫病發生和蔓延，因此消毒要全面細致進行。
　　
       消毒要全面
　　
       消毒藥濃度要適宜：如果消毒藥的濃度過大，一方面造成消毒藥的浪費，增加飼養成本；另一方面容易導致畜禽的皮膚、粘膜、呼吸道的損傷，同時也可能造成人員的傷害，濃度過小，達不到消毒效果。因此要按藥品說明書執行。養殖場工作人員在消毒過程中，采取噴霧的方式，噴灑均勻，速度適中。
　　
       消毒要同步：無論是環境消毒還是畜禽消毒，應盡可能在固定的時間范圍內進行。在養殖場的消毒過程中，各畜禽舍應在較小的時間間隔內進行，才能很好的起到消毒作用。否則，病原菌就有可能擴散或傳播，消毒效果不能大化，給養殖場的安全生產構成威脅。
　　
       人流、物流、車流的消毒要到位：規模養殖場大都采用封閉式的管理制度，但是現實決定不可能完全徹底封閉，必須要與人流、物流、車流不同程度的接觸，如果這項工作做不到位，將是養殖場大的安全隱患。養殖場要設置車輛消毒池和工作人員進出消毒室、消毒池，消毒室消毒藥的濃度要足夠，要定期更換消毒液，人員一定要走消毒室，千萬不能流于形式。
　　
       特別注意事項
　　
       滅蚊蟲、鼠類和禁養犬、貓，減少傳播媒介：蚊蠅等昆蟲及老鼠、野生動物、犬、貓都是疫病傳播的主要媒介，殺蟲滅鼠、禁養犬、貓是切斷傳播途徑的重要之一。首先要搞好豬舍內的清潔衛生，及時清除舍內地面及排糞溝中的積糞、飼料殘質及垃圾；其次，保持場區內的環境衛生，對豬場場區及豬場周邊環境的蚊蠅棲地、孳生地進行滅蚊藥噴灑。
　　
       實行全進全出制管理：全進全出制度是指同一批豬群同時轉入或同時轉出豬舍，是當前規模豬場控制疫病的基本手段。制定合理的生產計劃，在生產線各個主要環節上分期分批次安排豬的生產，做到全進全出，切斷不同日齡和不同豬舍豬只的病原交叉感染，有效切斷傳播途徑。

堅持自繁自養，嚴防疫病傳入：建立健全豬群是控制規模化豬場疫畜的基礎。堅持自繁自養，是建立豬場生物安全體系重要環節。規模豬場必須建立完善的繁殖體系，至少應建有良種繁殖場和商品繁殖場，根據發展計劃培育自己的基礎母豬群，繁殖種群過程中，提倡人工授精，避免交叉感染，通過自繁自養可以有效降低因引種不慎而將疫病傳入豬場的風險。
　　
       飼料原料及產品控制：目前生產中采取了許多防病措施，但對飼料病原菌的檢測環節薄弱。病原菌同樣可以污染飼料，豬群食用了被污染的飼料后發病幾率更高。因此，飼料及原料應特別注意生產、保存、運輸過程中是否被病原菌和有害物質污染過，在使用前應先進行檢測，必要時進行熏蒸消毒。